La gouvernance du CMNC est régie par un Conseil d’Administration composé de 15 membres, dont 5 constituent le Bureau.

La direction opérationnelle est assurée par 2 managers, en charge notamment de la mise en place et l’animation des groupes synergie, l’organisation annuelle de la Journée de la Mer, la représentation dans des groupes de travail et évènements extérieurs, et les rapports écrits.