La gouvernance du CMNC est régie par un Conseil d’Administration qui se réunit tous les mois et par un bureau qui se réunit chaque semaine.

La direction opérationnelle est assurée par 2 managers, en charge notamment de la mise en place et l’animation des groupes synergie, l’organisation annuelle de la Journée de la Mer, la représentation dans des groupes de travail et évènements extérieurs, et les rapports écrits.