La gouvernance du CMNC est régie par un Conseil d’Administration qui se réunit tous les mois et par un bureau qui se réunit chaque semaine.

L’animation opérationnelle et la communication sont assurées par une personne en charge notamment de la mise en place et l’animation des groupes synergie, l’organisation annuelle de la Journée de la Mer, la représentation dans des groupes de travail et évènements extérieurs, et les rapports écrits.